El Parque está ubicado dentro del trapecio amazónico, con el río
Amazonas en su parte sur. Amacayacu es el hábitat del tití leoncito, el primate más pequeño del mundo, así como de la tortuga de agua dulce y el cocodrilo más grandes del planeta. Además de poseer una fauna y flora exuberantes, el área del Parque se encuentra traslapada en un diez por ciento con territorios indígenas.
Un denso bosque húmedo tropical cubre como un tapiz casi toda la extensión del Parque Amacayacu. Adentrarse en esta maraña verde, donde la lucha por sobrevivir se ve reflejada en todo su esplendor, es una aventura de exploración insuperable. En el Parque hay alrededor de 150 especies de mamíferos, entre los que se destacan el delfín rosado y algunas especies en vía de extinción como la danta, el jaguar, el manatí y la nutria. Entre las muchas especies de primates se destaca el tití leoncito, el más pequeño del mundo. Amacayacu es también el hogar de unas 500 especies de aves y una enorme variedad de peces de agua dulce.
Ecosistemas: En Amacayacu hay ecosistemas de bosque húmedo tropical, bosques inundables, bosques de tierra firme, pantanos, ciénagas, madre viejas y sistemas fluviales representativos de la selva amazónica.
Hidrografía: Las crecientes del río Amazonas, principal curso de agua del Parque, llegan al tope en el mes de mayo, inundando gran parte de la región. El río Amazonas se ve surtido por las aguas de múltiples afluentes que pasan por los límites y el interior del parque. Entre los ríos del área protegida se destacan el Purité, el Cotuhé y el Amacayacu, y entre las quebradas cabe mencionar la Matamatá, la Pamaté y la Cabimas.
Fauna: El Parque Amacayacu posee más de 468 especies de aves, 150 especies de mamíferos acuáticos y terrestres, doce especies de primates, el mayor número de reptiles calculado en el país, entre los que se destacan los crocodilos, la anaconda, las boas y tortugas como la matamatá y la charapa. Entre los peces es posible hallar individuos de las diferentes familias pertenecientes a los seis órdenes factibles de encontrar en la región Amazónica.
Vegetación: En las playas de los ríos principales, con aluviones no consolidados, se presentan priseries, que inician con la aparición de gramalotes, pasto muy precoz que resiste las inundaciones y produce estolones. La vegetación flotante es muy característica de aguas estancadas. En las riberas de lugares encharcados hay árboles como la capirona y la canangucha, palmera de 10 a 15 metros de altura, que se conoce también con el nombre aguaje. El bosque que permanece transitoriamente inundado y que se conoce como varillal ocupa vastos sectores de la cuenca del río Purité al Oriente del Parque. Entre las especies arbóreas más importantes del área protegida se puede mencionar el cedro rojo, el lagarto caspio, el huito, el achapo blanco, el acapú, la balata o masarandua, el capinurí, el cacao y la mata matá chuchuguasa.
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